EMBL-EBI está desarrollando una plataforma para compartir datos, dedicada a la pandemia de coronavirus (COVID-19)  Esta plataforma de datos proporcionará un espacio compartido donde los científicos y las agencias de salud pública pueden colaborar para comprender el virus y controlar su propagación. Días atrás dábamos a conocer una nota con Sara donde explicaba parte de su trabajo. Hoy publicamos un informe que salió en el portal de dicho Instituto de Bioinformática

El intercambio de datos acelera la investigación global sobre el brote de COVID-19 y ayuda al desarrollo de diagnósticos, terapias y vacunas efectivas

El Instituto Europeo de Bioinformática de EMBL (EMBL-EBI) y sus colaboradores han comenzado a desarrollar la Plataforma Europea de Datos COVID-19, una iniciativa para ayudar a combatir el virus SARS-CoV-2 mejorando y acelerando el intercambio de datos entre investigadores de todo el mundo. .

Un esfuerzo colaborativo

El mundo está viendo un número sin precedentes de esfuerzos de investigación para ayudar a combatir la pandemia global de COVID-19. Comprender la biología, la epidemiología, la transmisión y la evolución del virus coloca a la comunidad científica un paso más cerca de crear diagnósticos, terapias y vacunas efectivas. Uno de los mayores desafíos en esta etapa es encontrar formas de acceder rápidamente y compartir datos y resultados.

La plataforma de datos europea COVID-19 tiene como objetivo abordar este desafío al proporcionar una plataforma abierta, confiable y escalable donde los investigadores pueden almacenar y compartir conjuntos de datos relevantes. También creará un espacio computacional compartido donde los científicos y los trabajadores de salud pública pueden colaborar. La plataforma de datos se conectará a la European Open Science Cloud (EOSC) .

La plataforma de datos europea COVID-19 consta de dos componentes conectados:

Centros de datos SARS-CoV-2 , que organizarán el flujo de datos de secuencia del brote y proporcionarán un intercambio de datos abierto e integral para las comunidades de investigación europeas y globales.

Portal COVID-19, que reunirá y actualizará continuamente conjuntos de datos y herramientas COVID-19 relevantes.

Centros de datos

Los centros de datos SARS-CoV-2 se construirán sobre la infraestructura EMBL-EBI y serán utilizados por organismos de salud pública y científicos responsables de generar secuencias virales a nivel nacional o regional.

La secuencia de datos en cada Data Hub será diferente para reflejar los esfuerzos y requisitos nacionales y regionales. Se capturarán metadatos esenciales, incluidos el tiempo de muestreo, el método, la ubicación geográfica, la tecnología de secuenciación y el estado de salud del huésped. Los Data Hubs también proporcionarán herramientas sistemáticas de procesamiento de datos, visualización y análisis filogenético.

EMBL-EBI continuará trabajando con los colaboradores existentes en la creación y expansión del modelo de Data Hubs. Estos colaboradores incluyen el Centro Médico Erasmus en los Países Bajos, la Universidad Técnica de Dinamarca y la Universidad Eötvös Loránd en Hungría. EMBL-EBI también establecerá nuevas colaboraciones con otras instituciones para ampliar el alcance de la iniciativa.

“La ciencia, la salud pública y la atención médica deben trabajar juntas si queremos minimizar el impacto de la pandemia de COVID-19”, dice Marion Koopmans, jefa del Departamento de Virciencia del Centro Médico Erasmus en Rotterdam. “Esperamos que esta iniciativa permitirá a los investigadores, clínicos y trabajadores de salud pública compartir sus datos de manera segura y eficiente para encontrar respuestas a las preguntas más urgentes sobre COVID-19 “.

Portal COVID-19

La primera fase de la iniciativa de la Plataforma Europea de Datos COVID-19 es el lanzamiento del Portal COVID-19 , que contará con conjuntos de datos relevantes de recursos de datos EMBL-EBI como el Archivo Europeo de Nucleótidos (ENA) , UniProt , Banco de Datos de Proteínas en Europa (PDBe) , el Banco de datos de microscopía electrónica (EMDB) , Expression Atlas y Europe PMC . El portal también incluirá los datos de la secuencia del brote y un navegador de cohortes para buscar datos clínicos y epidemiológicos. También permitirá a los científicos cargar, buscar y explorar conjuntos de datos especializados.

En las próximas semanas, se agregarán conjuntos de datos y herramientas adicionales de otros proyectos europeos, con el objetivo a largo plazo de incluir datos de otros proyectos internacionales. Esto se logrará con la ayuda de ELIXIR , la organización intergubernamental que reúne datos y recursos de ciencias de la vida de toda Europa, y otros colaboradores.

“El portal COVID-19 será muy fácil de acceder y utilizar para los investigadores”, dice Guy Cochrane, líder del equipo de coordinación y archivo de datos en EMBL-EBI . “Los usuarios podrán cargar sus datos SARS-CoV-2 y obtener acceso a datos de otros laboratorios de todo el mundo. Las herramientas de análisis también estarán disponibles para ayudar a avanzar en nuestro conocimiento colectivo del virus “.

“Nos gustaría alentar a los investigadores que trabajan en el brote de coronavirus a utilizar la plataforma de datos europea COVID-19 en su trabajo”, dice Rolf Apweiler, director de EMBL-EBI . “El intercambio de datos es clave para comprender la propagación de este virus y el esfuerzo global para evitar que se propague aún más”.